Murakami savaş sonrası Japonya’da 1 Şubat 1962’de dünyaya geldiği evinde tuvaletlerin dışarıda olduğunu ve zor şartlar altında büyüdüğünü anlatıyor. Çocukken manga (Japon çizgi romanları) ve bilim kurgu kitaplarını okumaya merak salan Murakami, “Gerçekten bilimkurguyla ilgilenmeye başladım ve inek oldum. Şimdi, bunu düşündüğümde, (manga okumak) gerçeklikten kurtulmak için bir kaçıştı.” diyerek o günlerini böyle anımsıyor. Anime ve manga hayranlığı gitgide büyüdü ve bundan dolayı animasyon endüstrisinde çalışmayı umuyordu. Bir animatör olmak için gerekli çizim becerilerini kazanmak için Tokyo Sanat Üniversitesi’ne katıldı ve burada nihonga (geleneksel Japon resim stili) okudu.

1994 yılında Murakami, Asya Kültür Konseyi’nden burs aldı ve bir yıl boyunca New York’taki PS1 Uluslararası Stüdyo Programına katıldı. Kaldığı süre boyunca Anselm Kiefer gibi Batılı çağdaş sanatçılara ve özellikle Jeff Koons gibi sanatçıların simülasyonizmine (benzetimcilik) maruz kaldı ve onlardan ilham aldı. Japonya’ya döndükten sonra, sanatsal pratiğinin ardındaki temel kavramları geliştirecek, Avrupa ve Amerika’daki büyük galerilerde ve kurumlarda düzenli olarak sergilemeye başlayacaktı.